В большинстве случаев воспаление слизистой желудка вызвано деятельностью бактерии хелиобактер пилори (Helicobacter pylori). Среда в желудке очень агрессивная, ведь железы в желудке вырабатывают соляную кислоту, которая необходима для расщепления пищи. Раньше считалось, что в этих условиях не может выжить ни один микроорганизм. Однако в конце XX-го века было доказано присутствие Helicobacter pylori в желудке человека и роль этих бактерий в развитии воспаления слизистой. Факторы, которые ранее считались самостоятельной причиной гастрита, такие как стрессы и погрешности питания, выполняют лишь функцию спускового механизма
